A Escola de Contas foi criada por meio da Resolução Normativa n° 004/2000 com a atribuição de coordenar as ações ligadas à capacitação continuada dos servidores e fiscalizados do TCE/MT. Por conta do desenvolvimento institucional, foi editada a Lei n° 8.086/2003 que determinou que a Escola passaria a ser denominada de Escola Superior de Contas “Conselheiro Oscar da Costa Ribeiro”, teria natureza autárquica, com autonomia administrativa, financeira e pedagógica. Porém, essa estrutura de autarquia não chegou a ser implantada e foi extinta pela Lei n° 8.610/2006.

Dessa forma, a Escola Superior de Contas, desde sua criação atua como unidade administrativa do Tribunal de Contas do Estado de Mato Grosso. Em janeiro de 2005, com a publicação da Resolução Normativa n° 09/2004, passou a fazer parte da estrutura organizacional da Vice-Presidência do TCE/MT, mantendo a finalidade de profissionalizar e qualificar os gestores e servidores públicos nas áreas de fiscalização, planejamento e gestão orçamentária, financeira, contábil, pessoal e patrimonial.

Nesse período de intenso investimento e profissionalização, a Escola Superior de Contas foi contemplada com a construção e inauguração, em abril de 2007, da sua sede própria anexa ao TCE/MT. Passando, a partir de então, a ter estrutura física adequada para o desenvolvimento de suas atividades.

Em 2009, a Lei nº 9.277, alterou a estrutura organizacional do Tribunal de Contas do Estado de Mato Grosso e determinou que a Escola Superior de Contas se vinculasse administrativamente à Secretaria Executiva de Administração e tecnicamente à Secretaria Geral de Controle Externo. Nesse ano, foi inaugurada ainda a Biblioteca “Poeta Silva Freire”, cujas atribuições foram definidas por meio da Instrução Normativa SEC n° 001/2009.

Com essas mudanças, em 2011, foi editada Instrução Normativa SEC n° 002/2011 referente a Normas e Procedimentos da Escola de Contas, documento que com o decorrer dos anos vem sendo atualizado.

Em 2013, foi publicada a Política de Educação Corporativa, Resolução 30/2013, a qual estabeleceu que as ações de formação e capacitação, voltadas aos membros, servidores, fiscalizados e à sociedade do Estado de Mato Grosso são definidas em conjunto com as outras unidades administrativas do TCE/MT, de acordo com o público-alvo pertinente e vinculadas aos objetivos e estratégias da Instituição.

O aumento das demandas de capacitação e o início da oferta de palestras e cursos no formato EaD (ensino à distância) propiciaram condições para a elaboração, aprovação e publicação da Resolução Normativa nº 20/2014, alterada pela RN n° 26/2016, que regulamenta a atuação e o pagamento dos Instrutores Internos cadastrados como docentes da Escola Superior de Contas.

Em 2016, o nome da escola foi alterado para Escola Superior de Contas Benedicto Sant'Ana da Silva Freire, por meio da Resolução Normativa 03/2016, em homenagem ao advogado, professor e poeta matogrossense por seus inesquecíveis e relevantes serviços prestados ao Estado de Mato Grosso.

Todas essas iniciativas e ações ao longo da história desenvolveram-se em estreito relacionamento com o Planejamento Estratégico de longo prazo, o que demandou a implementação de medidas e instrumentos legais para dar suporte à evolução do universo de atuação da Escola Superior de Contas do TCE/MT.